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">Newsnet 2022-09-30 23:43
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    上市日期:2022-09-30

    一、服务介绍

    宏基因组学研究不要求对每个微生物进行分离纯化培养,而是直接从样品中提取基因组DNA后进行测序分析。通过宏基因组测序,能够解释微生物群落多样性、种群结构、进化关系、功能活性及环境之间的相互协作关系,大大地扩展了微生物学研究范围。环境微生物多样性检测是指通过对环境中微生物16S rDNA高变区/ITS 的PCR扩增产物进行高通量测序,分析该环境下微生物群落的多样性和分布规律。

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    二、分析项目

    标准分析项目

    1. 去除宿主污染,产出数据及质控统计

    2. 组装前,通过K-mer分析评估样品的测序深度

    3. 序列组装

    4. 基因组结构注释(串联重复序列注释、短回文重复序列注释、可变遗传因子注释、基因编码区域预测、NCBI NR库比对、致病岛预测、前噬菌体预测、毒力因子预测,可选)

    5.基因功能注释(GO功能注释,KEGG通路注释,Swissprot数据库注释、COG功能分类)

    6.比较基因组分析(基因家族分析,系统进化树构建,物种分期时间预测)

    7. 生物种类和丰度估计

    8. 样本间群落结构比较(多样本);

    9. 微生物生物分布与环境关联分析(多样本);

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    分析项目

    重要结论的获得;

    聚类分析;

    主成分分析;

    通路富集分析;

    功能富集分析;

    个性化分析

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